ParsecDeepSkyは柔軟に複数の赤道儀やカメラを同時制御することができます。赤道儀１台に天体望遠鏡や天体望遠鏡付属デバイス各々２台、天体望遠鏡に取り付けたカメラやフィルターホイール各々２台を同時制御できます。さらに赤道儀１台に天体望遠鏡や天体望遠鏡付属デバイス各々１台、カメラやフィルターホイール各々１台という構成を追加で制御できます。赤道儀ごとに撮影システムのデバイスを構成し、アプリに方では赤道儀ごとにWindowが紐付き
制御します。
例えば、写真のような２つの撮影システムをMac１台、ParsecDeepSkyで制御できます。それぞれのシステムにアプリのWindow１面が対応しています。また、それぞれのシステムの設定値等はファイル>保存(Save)メニューでファイルに保存できるので、使い以降はこのファイルを開くことで、INDIサーバー等の設定を行わずにINDIサーバーへ接続できます。